Molecular phylogeography of tick-borne encephalitis virus in central Europe

In order to obtain a better understanding of tick-borne encephalitis virus (TBEV) strain movements in central Europe the E gene sequences of 102 TBEV strains collected from 1953 to 2011 at 38 sites in the Czech Republic, Slovakia, Austria and Germany were determined. Bayesian analysis suggests a 350-year history of evolution and spread in central Europe of two main lineages, A and B. In contrast to the east to west spread at the Eurasian continent level, local central European spreading patterns suggest historic west to east spread followed by more recent east to west spread. The phylogenetic and network analyses indicate TBEV ingressions from the Czech Republic and Slovakia into Germany via landscape features (Danube river system), biogenic factors (birds, red deer) and anthropogenic factors. The identification of endemic foci showing local genetic diversity is of paramount importance to the field as these will be a prerequisite for in-depth analysis of focal TBEV maintenance and long-distance TBEV spread.

The humankind genome: from genetic diversity to the origin of human diseases

Genome-wide association studies have failed to establish common variant risk for the majority of common human diseases. The underlying reasons for this failure are explained by recent studies of resequencing and comparison of over 1200 human genomes and 10 000 exomes, together with the delineation of DNA methylation patterns (epigenome) and full characterization of coding and noncoding RNAs (transcriptome) being transcribed. These studies have provided the most comprehensive catalogues of functional elements and genetic variants that are now available for global integrative analysis and experimental validation in prospective cohort studies. With these datasets, researchers will have unparalleled opportunities for the alignment, mining, and testing of hypotheses for the roles of specific genetic variants, including copy number variations, single nucleotide polymorphisms, and indels as the cause of specific phenotypes and diseases. Through the use of next-generation sequencing technologies for genotyping and standardized ontological annotation to systematically analyze the effects of genomic variation on humans and model organism phenotypes, we will be able to find candidate genes and new clues for disease’s etiology and treatment. This article describes essential concepts in genetics and genomic technologies as well as the emerging computational framework to comprehensively search websites and platforms available for the analysis and interpretation of genomic data.

Melhoramento genético na apicultura comercial para produção da própolis

O melhoramento genético de abelhas Apis mellifera é uma ferramenta essencial e de caráter obrigatório para o sucesso e desenvolvimento da indústria apícola. Práticas de manejo, troca das rainhas e inseminação instrumental constituem os pilares fundamentais de um programa que vise o aumento de determinada característica quantitativamente. A diversidade de climas no Brasil, junto com a possibilidade de direcionar a produção de diferentes produtos, fazem deste um país com oportunidades no campo internacional da apicultura. Programas de melhoramento genético, em grande escala, precisam ser feitos a partir de populações em massa, ou seja, um programa de melhoramento deverá iniciar-se a partir de um grande número de colmeias para serem selecionadas, com a finalidade de desenvolver e estruturar um programa de melhoramento genético que tenha como objetivo incrementar os níveis de produção e assim aumentar as médias de produção por colmeia em geral. Algumas características podem ser utilizadas para selecionar as colmeias, como: produção de própolis; a qualidade da própolis coletada; comportamento higiênico; taxa de infestação de varroa e incidência de Nosema. Isso garante a seleção das melhores colmeias como base do programa de melhoramento genético. Adicionalmente, padronização de práticas de manejo, troca constante de rainhas, produção de zangões, avaliação contínua da produção e a inseminação instrumental são práticas constantes nos apiários do programa de melhoramento em própolis.